Cristiano iniciou sua trajetória na Ponte em 1993, atuando nas categorias de base. Rapidamente, passou a integrar a comissão técnica fora das quatro linhas, sendo promovido ao elenco profissional por Marco Antonio Eberlin — à época dirigente do clube e atualmente presidente da Macaca.

Durante sua primeira passagem, participou de momentos históricos, como os acessos da Série B para a Série A do Campeonato Brasileiro em 1997, e da Série A2 para a elite do Paulistão, em 1999. Também esteve presente na campanha da Ponte que resultou no terceiro lugar da Copa do Brasil de 2001.

Em 2003, Cristiano Nunes deixou a Ponte para atender a um convite do técnico Abel Braga, indo atuar no Fluminense. Ainda assim, retornou ao clube em outras duas ocasiões: em 2007 e 2016, ambas como coordenador técnico.

Atualmente no Atlético-MG, Cristiano foi convocado para integrar a nova comissão técnica da Seleção Brasileira, que inicia os trabalhos nas próximas rodadas das Eliminatórias Sul-Americanas para a Copa do Mundo. O profissional, que começou sua carreira no Majestoso, agora escreve um novo e importante capítulo ao lado de um dos treinadores mais vitoriosos do futebol mundial.